Fenerbahçe
Tam isim	Fenerbahçe (futbol takımı)
Takma isim(ler)	Sarı Kanaryalar Sarı-Lacivertliler Efsane
Kısa isim(ler)	Fener FB
Renkler	Sarı-Lacivert
Maskot	Kanarya
Kuruluş	3 Mayıs 1907(7009348680160000000110 yıl, 179 gün önce.)
Stadyum	Ülker Stadyumu (Kapasite: 50.509 [2])
Başkan	Aziz Yıldırım
Teknik direktör	Aykut Kocaman
Lig	Süper Lig
2016-17	Süper Lig, 3.
Resmî site	fenerbahce.org

Fenerbahçe Futbol Takımı, ya da yaygın kullanılan adıyla Fenerbahçe, Fenerbahçe Spor Kulübü'nün Süper Lig'de mücadele eden profesyonel futbol takımıdır.[2] Kulüpteki futbol hariç diğer şubeler basketbol, voleybol, atletizm, boks, kürek, yelken, yüzme, e-Spor ve masa tenisidir. Takım, iç saha maçlarını İstanbul Kadıköy'de bulunan 50.509 kişilik Fenerbahçe Şükrü Saracoğlu Stadyumu'nda yapmaktadır.[2] 1907 yılında bir futbol kulübü olarak kurulan Fenerbahçe, Türkiye futbol tarihinin en başarılı ve en çok taraftarı olan spor kulüplerinden birisidir.[3][4] Takımın şu anki başkanı 1998 yılından beri görevde bulunan Aziz Yıldırım, teknik direktörü ise Aykut Kocaman'dır.
Fenerbahçe'nin ulusal düzeyde 19 Süper Lig, 6 Türkiye Kupası ve 9 Türkiye Süper Kupası şampiyonluğu bulunmaktadır.[5] Ayrıca 2012-13 sezonunda UEFA Avrupa Ligi'nde yarı finale çıkarak tarihinde bir Avrupa kupasındaki en iyi derecesini elde etti. 1968 yılında şampiyonluk yaşadığı Balkan Kupası Türkiye'nin ve kulüp tarihinin ilk Avrupa kupası oldu.
Takma adı Sarı Kanaryalar olan Fenerbahçe kulübünün Trabzonspor ve Beşiktaş gibi takımlarla rekabeti bulunsa da en büyük rakibi aynı şehirde bulunduğu Galatasaray'dır. Bu iki takım arasındaki gerçekleşen maçlar Kıtalararası Derbi olarak adlandırılır. Kulübün geleneksel forması düz, sarı lacivert çubuklu forma, beyaz şort ve yanları hafif renkli beyaz çoraplardan oluşur.

Tarihçe
1907-1959
 

Fenerbahçe'nin kurucularından ve ilk başkanı Ziya Songülen.
Londra Sefareti Başkatibi Nuri Bey'in oğlu Ziya Songülen, Harekat Ordusu Feriki (tümgeneral) Şevki Paşa'nın oğlu Ayetullah Bey, edebiyatçı Sami Paşazade Sezai Bey’in yeğeni Enver Necip (Okaner) Bey, Alman lisesinden Hassan Sami Kocamemi, St. Jozeph talebesi Galip Kulaksızoğlu, Hint adıyla anılan Asaf Beşpınar ve Hakkı Saffet Tan, İngiliz ve Rumların maçlarını izlemekte ve İngilizlerin yer aldığı Moda FC'de oynayan Bobi lakaplı Fuat Hüsnü Kayacan'ı seyretmekteydiler.[6] 1907 ilkbaharında yine bir maç dönüşünde Necip, Ziya ve Ayetullah Beyler, Necip Bey'in Moda Beşbıyık Sokaktaki evinde toplandılar. İçinde bulundukları tarihin de desteğinden güç alan bu gençler, kuracakları takımın ilk fikir harcını attılar.[7] Gerekli parayı finanse edecek olan dönemin zenginlerinden Saint Joseph mezunu Mühendis Nurizade Ziya Bey'e kulübün kurucu başkanlığını, Osmanlı Bankası memurlarından Ayetullah Bey'e katiplik (sekreter) görevini, Bahriye Subayı Necip Bey'e de kaptanlık ve veznedarlık (sayman) görevini verdiler. Kulübün adını ise, oturdukları semtten esinlenerek, Fenerbahçe Futbol Kulübü olarak belirlediler. Böylece Fenerbahçe Spor Kulübü, bir futbol takımı olarak 1907 yılında İstanbul'un Kadıköy ilçesinde kuruldu.[7]
 

Fenerbahçe Spor Kulübü'nün kurucularından ve Fenerbahçe'nin başkanlarından Ayetullah Bey
Kulüp başkanı Ziya Bey'in İngiltere'den getirttiği; önü ve kolları düğmeli olan sarı beyaz bol formaları, lacivert şort pantolonları ve sarı löverli yün çorapları ile takım ilk antrenmanlarına başladı. Kısa zamanda çevrenin futbola kabiliyetli gençlerini de kendi etrafında toplayan kulübün ilk kadrosu, olası olarak; Hint Asaf – Necip , Ziya – Hasan, Hassan, Sabri – Nasuhi , Şevkati , Galip , Hüseyin , Hayrullah terkibinde, ya da; Asaf – Ziya , Sami – Ayetullah , Mazhar , Necip – Fethi , Galip , Hüseyin , Hasan , Nevzat şeklinde oluştu.
 

1911-12 sezonu şampiyonu Fenerbahçe kadrosu. Fenerbahçe tarihinin ilk şampiyon kadrosu.
Fenerbahçe futbol takımı, 1909 yılında ilk kez İstanbul Ligi'ne katıldı. Takımın ilk teknik direktörlüğünü, aynı zamanda takımın oyuncu olan Hüseyin Dalaklı yapmaktaydı.[8] İlk iki yıl İstanbul Ligi'nde varlık gösteremeyen takım, 1911-12 sezonunda Zeki (Mazlum), K. Arslanyan, Abbas (Elkatipzade), Mustafa (Elkatipzade), Yahya (Berki), Hüseyin (İzzi), Arif, Kemal (Aşkın), Tevfik, Nuri, Galip (Kulaksızoğlu), Nasuhi ve Hasan Kâmil (Sporel)'den oluşan kadrosuyla şampiyon olarak tarihindeki ilk lig şampiyonluğunu elde etti.[9]
1912-1913 sezonu Balkan savaşları nedeniyle yapılmadı.[10] Resmi kuruluşu 1907 olarak bilinen Fenerbahçe'nin tescili ise 1913 yılında yapıldı. "1907'de Kuşdili Çayırı'nda kurulan ve başkanlığını Hamid Hüsnü (Kayacan) Bey'in yaptığı Fenerbahçe Spor Kulübü'nün kuruluş amacı "Beden ve fikir eğitimini yaygınlaştırmak, vatan gençlerini hayat mücadelesine, sıkıntılara ve askeri seferlere (savaşmaya) alıştırmak" ifadelerini ihtiva eden belge ile kulüp resmi olarak tescil edildi. Bu kayıt aynı zamanda, bir Türk futbol kulübü hakkında şu ana kadar bulunmuş tek resmî Osmanlı tescil belgesidir.[11] 1913-14 ve 1914-15 sezonlarında ise Galip Kulaksızoğlu'nun teknik direktörlüğündeki takım iki sezon art arda İstanbul Lig şampiyonluğunu kazandı.[12] 1912 yılında kurulan ve 1923 yılına kadar devam eden Cuma Ligi'nde de mücadele eden Fenerbahçe, 1920-21 ve 1922-23 sezonlarını şampiyon olarak tamamladı.[13]
Fenerbahçe'nin 1922-23 sezonu şampiyonluğu dünyada eşi benzeri görülmemiş bir sezon olarak tarihe geçti.[14] Takım kadrosunun tamamı yüksek okul mezunları ve öğrencilerden oluşan Fenerbahçe, sezonu hiç yenilmeden ve gol yemeden 58-0 gibi bir skorla tamamladı.[14]
 

Lefter Küçükandonyadis Fiorentina formasıyla.
1923 yılının Fenerbahçe açısından en önemli olaylarıdan bir diğeri ise Birleşik Krallık işgal kuvvetleri komutanı General Charles Harington Harington'ın İstanbul'dan ayrılırken kendi adına bir turnuva düzenlemesi oldu.[15] General, bu kupaya yönelik olarak "Gardler Muhteliti Türk kulüplerine meydan okuyor. Galibine, Başkumandanın adını taşıyan büyük bir kupa verilecek bu maça Türk kulüpleri diledikleri gibi takviye de alabilirler." şeklinde bir ilan verdi. Fenerbahçe ise generalin ilanına "Fenerbahçe Kulübü yalnız kendi kadrosuyla bu maçı şartsız olarak kabul eder." şeklindeki gazete ilanıyla karşılık verdi.
29 Haziran 1923 tarihinde General Harrington Kupası adıyla Taksim Stadı'nda yapılan maçı Fenerbahçe, dönemin önemli oyuncularından olan Zeki Rıza Sporel'in atmış olduğu iki golle 2-1 kazandı.[15] Maç gecesi Lozan Konferansı'nda bulunan Türk Heyetine de bu galibiyet haberi ulaştığında heyet başkanı İsmet Paşa tarafından Fenerbahçe kulübüne "Heyetimiz adına hepinizi mutlulukla tebrik eder, meserretle gözlerinizden öperim." şeklinde bir kutlama telgrafı gönderildi.[15]
1932 yılının Haziran ayında meydana gelen Kuşdili Yangını sonucu kulüp binası ciddi ölçüde zarar gördü ve kupalar, üye kayıt ve maç defterlerini de içeren belgeler dahil olmak üzere çoğu maddi eser ve belge yok oldu.[16]
1936 yılında en güçlü İstanbul, Ankara ve İzmir takımlarının yer aldığı Millî Küme kuruldu.[17] 1938 yılında kendi isteğiyle ligden çekilen Fenerbahçe, bunun dışındaki tüm turnuvalara katılmış 1937, 1940, 1943, 1945, 1946 ve 1950 yıllarında olmak üzere 6 kez şampiyonluk kazanarak bu kupada en çok zafere ulaşan takım olmuştur.[18] Bu yılların en önemli futbolcularından birisi ise Fenerbahçe formasıyla çıktığı 615 maçta 423 gol atan Lefter oldu.[19] 1947-1951 ve 1953-64 yılları arasında Fenerbahçe forması giyen Lefter, Türkiye'de kulübü tarafından jübilesi yapılan ilk futbolcu oldu.[20] Fenerbahçe taraftarlarının gönlünde taht kuran ve Ordinaryus lakabı takılan Lefter için Tribünler söyledi binlerce kere. Ver Lefter'e yaz deftere. Bitti kalem doldu defter. Bu âlemde kral Lefter.. sloganı yazıldı.[21]
1939 yılında Türk futbol tarihinde ilk kez gece maçları oynanmaya başlandı. 9 Eylül 1939 tarihinde saat 21.00'de Fenerbahçe ile Beyoğluspor arasında yapılan bu ilk maçta, Fenerbahçe rakibini 4-2 mağlup etti. İlk gece maçının ilk golünü ise Fenerbahçeli futbolcu Fikret Kırcan kaydetti.[22]
Fenerbahçe, ilk olarak 1911-12 sezonunda katıldığı ve 1958-59 sezonuna kadar farklı statülerde yapılan İstanbul Ligleri'nde 16 şampiyonluk kazandı. Bu şampiyonluklardan 14'ü İstanbul Ligi, 2'si İstanbul Cuma Ligi kupasıydı.[23]
1959-1969
 

Fenerbahçe formasıyla 268 maçta 115 gol atan Yüksel Gündüz, Beşiktaş'a gol atarken.
21 Şubat 1959 tarihinde sadece İstanbul, Ankara ve İzmir takımlarının katılabildiği Türkiye 1. Futbol Ligi kuruldu. Beyaz ve kırmızı grup şeklinde düzenlenen ve 16 takımın yer aldığı ligde, Fenerbahçe, beyaz grupta yer aldı. Macar teknik direktör Ignace Molnar yönetimindeki[24] Fenerbahçe, 12 galibiyet ve 2 beraberlik alıp 26 puanla grubunu lider tamamladı.[25] Finalde ise kırmızı grubun birincisi Galatasaray ile karşılaştı. İki maç şeklinde düzenlenen finalde, ilk maçı 1-0 kaybetmesine karşın ikinci maçta rakibini Yüksel Gündüz, Mustafa Güven, Naci Erdem ve Şeref Has'ın attığı gollerle 4-0 yenerek Türkiye 1. Futbol Ligi'nin ilk şampiyonu oldu.[26] 1959-60 sezonunda ligi ikinci olarak bitiren Fenerbahçe, aynı sezon tarihinde ilk defa Şampiyon Kulüpler Kupası'na katıldı. 1. ön eleme turunda Macaristan ligi şampiyonu Csepel'i 1-1 ve 3-2'lik skorlarla eleyerek ikinci tura yükseldi. İkinci turda Fransa ligi şampiyonu Nice'yle karşılaşan Fenerbahçe, rakibine elenerek turnuvaya veda etti. [27]
1960 yılında takımın başına Macar teknik direktör László Székely getirildi.[24] Fenerbahçe, 1960-61 sezonunda 38 maçta aldığı 26 galibiyet, 9 beraberlik, 3 mağlubiyetle ligi yeniden şampiyon olarak tamamladı.[28] Bu sezonun en önemli gelişmelerinden birisi ise Fenerbahçe'nin en önemli futbolcularından olan Can Bartu'nun sezon sonunda bir İtalyan takımı olan ACF Fiorentina'ya transfer olması oldu.[29] 1961-62 sezonunda ise yeniden Şampiyon Kulüpler Kupası'nda mücadele etme hakkı kazanan Fenerbahçe, 2. turdan katıldığı turnuvada Nürnberg'e 2-1 ve 1-0'lık skorlarla yenilerek kupaya veda etti.[30] 1962 yılının Ocak ayında takımın başına Necdet Erdem getirildi.[24] 1962 yılının Temmuz ayında ise takımın başına Yugoslav teknik direktör Miroslav Kokotović getirildi.[24]1962-63 sezonunu üçüncü olarak bitiren Fenerbahçe, 1963-64 sezonunda Kupa Galipleri Kupası'na katıldı.[31] Ön eleme turunda Romanya ligi takımlarından FC Petrolul Ploieşti'yi geçen Fenerbahçe, birinci turda Kuzey İrlanda ligi takımı olan Linfield'i eleyerek tarihinde ilk defa Şampiyon Kulüpler Kupası'nda çeyrek finale kaldı. Çeyrek finalde Macaristan ligi takımlarından MTK Budapeşte ile eşleşti. İlk maçı 2-0 kaybeden Fenerbahçe, ikinci maçı 3-1 kazanarak turu playoff'a taşıdı. Ancak playoff maçında rakibine 1-0 yenilerek kupaya veda etti.[31] Miroslav Kokotović yönetiminde hem Avrupa'da hem de Türkiye'de başarılı bir sezon geçiren Fenerbahçe, aynı sezon ligi şampiyon olarak tamamladı.[32]
1964-65 sezonunda teknik direktörlüğe İngiliz Oscar Hold getirildi.[24] Fenerbahçe bu sezonda dördüncü kez lig şampiyonluğu elde etti. 1965-66 sezonunda Selahattin Torkal yönetimindeki takım, ligi üçüncü, 1966-67 sezonunda ise Abdullah Gegiç yönetiminde ligi ikinci sırada bitirdi.[32] Bu sezonun en önemli gelişmelerinden birisi ise Fenerbahçe'nin Balkan Kupası'nı kazanması oldu.[33] Fenerbahçe'nin Balkan Kupası şampiyonluğu, bir Türk futbol takımının uluslararası resmi bir organizasyonda kazandığı ilk şampiyonluk oldu. Kupa'nın final maçında Yunanistan ligi takımlarından AEK ile karşılaşan Fenerbahçe, rakibini Ogün Altıparmak'ın iki, Yılmaz Şen'in ise attığı bir golle 3-1 mağlup etti.[33]
1967-68 sezonunda takımın başına yeniden Ignace Molnar'ı getiren Fenerbahçe, sezonu en yakın takipçisi Beşiktaş'ın 7 puan önünde şampiyon olarak tamamladı.[34] Aynı sezon Türkiye Kupası finalinde Altay ile karşılaşan Fenerbahçe, rakibini Ogün Altıparmak ve Nedim Doğan'ın attığı gollerle 2-0 mağlup ederek ilk Türkiye Kupası şampiyonluğunu kazandı.[35] 1968-69 sezonunda Şampiyon Kulüpler Kupası'na 1. turdan katılan Fenerbahçe İngiltere Premier League takımlarından Manchester City'i ilk maçı 0-0 biten maçın ardından ikinci maçta 2-1 mağlup ederek 2. tura yükseldi. 2. turda Hollanda ligi takımlarından Ajax ile karşılaşan Fenerbahçe, iki maçı da 2-0 kaybederek turnuvaya veda etti.[36] 1969 yılı Mart ayında Ignace Molnar takımdan ayrıldı. Sezonu sırasıyla Fikret Kırcan ve Basri Dirimlili[24] yönetimde geçiren Fenerbahçe ligi dördüncü sırada bitirdi.
1969-1979
 

1972-1975 yılları arasında Fenerbahçe'yi çalıştıran ve 8 kupa kazanan teknik direktör Didi.
1969-70 sezonunda takımın başına Rumen teknik direktör Traian Ionescu'yu getiren Fenerbahçe, sezonu Eskişehirspor'un 7 puan önünde şampiyon olarak tamamladı.[37] Sezonun en önemli istatistiklerinden birisi ise Ilie Datcu'nun kalesini koruduğu Fenerbahçe'nin toplam 30 maçta kalesinde sadece 6 gol görmesi oldu.[38] Bu durum günümüzde bir rekor olarak varlığını korumaktadır.[39] Fenerbahçe, 1970-71 sezonunda takımın başına Rumen teknik adam Constantin Teașcă‎'yı getirdi.[24] Fenerbahçe bu sezon ligi ikinci sırada bitirdi.[40] Aynı sezon Ogün Altıparmak, 26 maçta attığı 16 golle Türkiye 1. Futbol Ligi'nde gol kralı olan ilk Fenerbahçeli futbolcu oldu.[41] 1971-72 sezonunda takımın başına Sabri Kiraz getirildi.[24] Fenerbahçe bu sezon ligi üçüncü sırada tamamladı. 1972-73 sezonunda yeni bir yapılanmaya giden takım, ilk olarak teknik direktörlüğe Brezilyalı Didi'yi getirdi.[42] Bunun yanı sıra İstanbulspor'dan transfer edilen Cemil Turan dönemin önemli transferlerinden birisi oldu.[43] Sezonu ise Galatasaray'ın ardında ikinci olarak bitirdi. Osman Arpacıoğlu, 19 maçta attığı 16 golle gol kralı oldu.[41] 1973-74 sezonunda, takımın 1980–1983 yılları arasında kaptanlığını da yapacak olan Alpaslan Eratlı transfer edildi.[44] Ziya Şengül'ün takım kaptanlığını yaptığı, Cemil Turan'ın gol kralı[41] olduğu sezon Fenerbahçe 7. kez lig şampiyonluğunu kazandı. Aynı sezon Türkiye Kupası finalinde Bursaspor'u mağlup ederek bu kupayı ikinci kez müzesine götürdü.[45] 1974-75 sezonunda Şampiyon Kulüpler Kupası'na katılan Fenerbahçe, 1. turda Lüksemburg ligi takımlarından Jeunesse Esch'i eleyerek 2. tura yükseldi. Bu turda Polonya ligi takımlarından Ruch Chorzów'a elenerek turnuvaya veda etti.[46] Lig sezonunu ise Galatasaray'ın 5 puan önünde şampiyon olarak tamamladı.[47]
1975 yılı Eylül ayında teknik direktörlükten ayrılan Didi'nin yerine Necdet Niş getirildi.[24] Takımın başında 3 hafta kalan Necdet Niş'in yerine yeniden Abdullah Gegiç getirildi.[24] 1975-76 sezonunda üç kez teknik direktör değişikliği yaşandı. Sırasıyla İlie Datcu, Nedim Günar ve son olarak Yugoslav teknik direktör Tomislav Kaleperović takımın başına getirildi.[24] Fenerbahçe bu sezonu Trabzonspor'un 3 puan gerisinde ikinci sırada tamamladı.[47] Cemil Turan ise 30 maçta attığı 17 golle ikinci kez gol kralı oldu. 1976-77 sezonunu ise yine Trabzonspor'un 4 puan gerisinde ikinci sırada tamamladı.[47] 1977-78 sezonunda Tomislav Kaleperović teknik direktörlüğündeki Fenerbahçe, sezonu lider olarak tamamlayarak, dokuzuncu lig şampiyonluğunu elde etti.[47] Aynı sezon Cemil Turan, 30 maçta attığı 17 golle üçüncü kez gol kralı oldu. 1978-79 sezonunda takımın başına yeniden Necdet Niş'i getiren Fenerbahçe, ligi üçüncü sırada bitirdi.[48]Türkiye Kupası'nda ise finalde Altay ile karşılaştı. İlk maçı 2-1 kaybetmesine rağmen ikinci maçta rakibini Raşit Çetiner ve Önder Mustafaoğlu'nun attığı gollerle 2-0 mağlup ederek Türkiye Kupası'nı üçüncü kez müzesine götürdü.[49]
1979-1989
25 Ağustos 1979 tarihinde Türkiye 1. Futbol Ligi'ne yabancı futbolcu transfer yasağı getirildi.[50] Fenerbahçe bu dönemde Şekerspor'dan Selçuk Yula'yı transfer etti. Haziran ayında teknik direktörlüğe Şükrü Ersoy getirildi.[51] Ancak 9 maçta alınan 5 mağlubiyet sonucu Şükrü Ersoy görevinden istifa etti ve yerine Ziya Şengül getirildi.[52] Fenerbahçe, 1979-80 sezonunu Trabzonspor'un ardından ikinci sırada bitirdi. 1980-81 sezonunda takımın başına Alman teknik direktör Friedel Rausch getirildi.[53] Tarihinin en sıkıntılı dönemini bu sezonda yaşayan Fenerbahçe, ligi onuncu sırada bitirdi.[54] 1981-82 sezonunda yabancı futbolculara yönelik transfer yasağı kaldırıldı.[55] Dönem ortasında yardımcı antrenörlük yapmakta olan Enver Katip'i takımın başına getiren Fenerbahçe, sezonu üçüncü sırada tamamladı. Bu sezonda Selçuk Yula, 28 maçta attığı 16 golle gol kralı oldu.[47]
 

Fenerbahçe'nin tarihi Bordeaux galibiyeti sırasında takımın teknik direktörlüğünü yapmakta olan Kálmán Mészöly. Sol tarafındaki ise futbolcu Flórián Albert.
1982-83 sezonunda Yugoslav teknik adam Branko Stanković takımın yeni teknik direktörü oldu.[24] Alpaslan Eratlı'nın futbolu bırakmasının ardından Cem Pamiroğlu yeni takım kaptanı oldu. En başarılı sezonlarından birisini geçiren Fenerbahçe, bu sezonda ligi şampiyon olarak tamamlayarak, toplamda 10. lig şampiyonluğunu kazandı.[56] Bunun yanında Türkiye Kupası finalinde Mersin İdman Yurdu ile karşılaşan Fenerbahçe, rakibini iki maçta da 2-0 ve 2-1'lik skorlarla mağlup ederek dördüncü kez Türkiye Kupası şampiyonu oldu.[57] Dönemin etkili futbolcularından Selçuk Yula ise 30 maçta attığı 19 golle ikinci kez gol kralı oldu.[47] Fenerbahçe, 1983-84 sezonunu Trabzonspor'un ardından ikinci sırada bitirdi. 1984-85 sezonunda bir başka Yugoslav teknik direktör Todor Veselinović takımın başına getirildi.[24] Aynı sezon Hajduk Split'ten transfer edilen Dušan Pešić, takıma dahil edilen önemli futbolculardan birisi oldu.[58] Sezon sonunda Beşiktaş'la aynı puanda olan Fenerbahçe, averaj üstünlüğü ile onbirinci lig şampiyonluğunu elde etti. Sezon sonunda takımdan ayrılan Todor Veselinović'in yerine Macar teknik direktör Kálmán Mészöly getirildi.[24]
Bir önceki sezonu şampiyon olarak tamamlayan takım, 1985-86 sezonunda Şampiyon Kulüpler Kupası'na 1.turdan katıldı.[59] Fransa ligi'nin son şampiyonu Bordeaux ile eşleşen Fenerbahçe, ilk maçta rakibini Selçuk Yula, Şenol Çorlu ve Hüseyin Çakıroğlu'nun attığı gollerle 3-2 yendi.[59] Takım kadrosunun yarısını Fransa millî takımın oluşturduğu Bordeaux'a[60] karşı alınan bu galibiyet, Avrupa basınında büyük yankı uyandırdı.[61] 2. turda İsveç ligi takımlarından Göteborg ile eşleşen Fenerbahçe, kendi evindeki maçı 2-1 kazanmasına rağmen, ilk maçı 4-0 kaybettiği için turnuvaya veda etti.[59] Ligde ise sıkıntılı bir dönem geçiren takım, sezonu beşinci sırada tamamlayarak bir sonraki sezon Avrupa kupalarına katılma şansını kaybetti.[62] Bu nedenle Kálmán Mészöly ile yollar ayrılarak yerine Yugoslav teknik direktör Branko Stanković getirildi.[63] Sezon sonunda emekliye ayrılan takım kaptanı Cem Pamiroğlu'nun yerine ise Müjdat Yetkiner getirildi.
 

Fenerbahçe'nin önemli futbolcularından Şeytan lakaplı Rıdvan Dilmen.
1986-87 sezonunda, son haftalarda alınan başarısız sonuçlar nedeniyle ligin bitimine iki hafta kala Branko Stanković'in görevine son verildi.[64] Sezon sonuna kadar Yılmaz Yücetürk'ün yönetiminde kalan Fenerbahçe, ligi bir önceki sezon olduğu gibi beşinci sırada bitirdi.[65] Sezon sonunda dönemin genç yıldızlarından olan Rıdvan Dilmen, Sarıyer'den transfer edildi. Diğer önemli transfer ise Sakaryaspor'dan transfer edilen savunma oyuncusu Nezihi Tosuncuk oldu.[66][67] 1987-88 sezonunda ligin dördüncü haftasında Yılmaz Yücetürk istifa etti ve takımın başına geçici bir süre için Birol Pekel getirildi.[24][68] Ligin altıncı haftasında ise Macar teknik adam Pál Csernai Fenerbahçe'nin yeni teknik direktörü oldu.[24] En kötü sezonlarından birisini geçiren Fenerbahçe, ligi sekizinci sırada bitirdi. Sezon sonunda ise Pál Csernai ile yollar ayrıldı.[69] Bunun yanı sıra Müjdat Yetkiner'in yerine takım kaptanlığı Şenol Çorlu'ya verildi.
1988-89 sezonu öncesi Fenerbahçe'nin yaptığı transferler büyük yankı uyandırdı.[70] Almanya millî futbol takımının kalesini koruyan Toni Schumacher, Schalke 04'den transfer edildi.[70] Bunun yanı sıra Sakaryaspor'dan transfer edilen Oğuz Çetin ve Aykut Kocaman diğer önemli transfer hamleleri olarak gerçekleşti.[70] Pál Csernai'den boşalan teknik direktörlüğe ise yeniden Todor Veselinović getirildi.[24] Takım kaptanlığı ise yeni transfer Toni Schumacher'e verildi. Kadrosunu önemli oyuncularla güçlendiren Fenerbahçe, sezonu Beşiktaş'ın 10 puan önünde şampiyon olarak tamamladı.[71] Onikinci lig şampiyonluğunu elde eden Fenerbahçe'de, Aykut Kocaman 34 maçta attığı 29 golle gol kralı oldu.[47]
1989-1999
 

O dönem ligin en önemli forvet'lerinden olan 3 kez gol kralı olmuş Aykut Kocaman.
Fenerbahçe, 1989-90 sezonu öncesi Danimarkalı futbolcu Henrik Nielsen'i transfer etti. [72] Bu sezon Toni Schumacher'in sarılık teşhisi konulması nedeniyle 6 ay[73], ligin 10. haftasında Trabzonspor maçında ağır bir şekilde sakatlanan Rıdvan Dilmen'in ise 3 ay sahalardan uzak kalması takımın şansız bir sezon geçirmesine neden oldu.[74] Fenerbahçe, ligi Beşiktaş'ın 5 puan gerisinde ikinci olarak bitirdi. Sezon sonunda ise Todor Veselinović ile yollar ayrıldı. Boşalan teknik direkörlük görevine ise PSV'yi 1987-88 sezonunda Şampiyon Kulüpler Kupası şampiyonu yapan Hollandalı çalıştırıcı Guus Hiddink getirildi.[75] 1990-91 sezonuna, hastalık ve sakatlıklar nedeniyle Schumacher, Rıdvan, Semih ve Aykut gibi önemli futbolculardan yoksun başlandı. Ligin 22. haftasında Trabzonspor deplasmanında alınan mağlubiyet nedeniyle Guus Hiddink'in görevine son verildi. Sezon sonuna kadar önce Erol Togay, daha sonra ise Tınaz Tırpan'ın çalıştırdığı Fenerbahçe, sezonu beşinci sırada tamamladı.
Bir önceki sezon yaşanan başarısızlıklar nedeniyle 1991-92 sezonu öncesi önemli transfer hamleleri gerçekleşti. Dönemin en büyük transferi Galatasaray'dan olaylı bir şekilde alınan Türkiye 1. Futbol Ligi gol kralı Tanju Çolak oldu.[76] Toni Schumacher'in emekliye ayrılmasından sonra Beşiktaş'tan alınan Engin İpekoğlu ise bir diğer önemli transfer oldu.[77][78] Teknik direktörlük görevine ise Slovak Jozef Vengloš getirildi. Sezon sonunda Aykut Kocaman 25 maçta attığı 25 golle gol kralı olurken, Fenerbahçe ligi Beşiktaş'ın ardından ikinci sırada bitirdi.[79] Jozef Vengloš yönetimindeki Fenerbahçe, 1992-93 sezonunu lider Galatasaray'ın 8 puan gerisinde beşinci sırada tamamladı.[80] Bir önceki sezon Galatasaray'dan alınan Tanju Çolak ise 23 maçta attığı 27 golle gol kralı oldu. [81] Sezon sonunda Jozef Vengloš gönderilerek yerine Alman teknik adam Holger Osieck getirildi.[82] Kadroda yeni bir yapılanmaya giden Fenerbahçe'de Tanju Çolak ile yollar ayrılırken, Uche Okechukwu, Brian Steen Nielsen, Rüştü Reçber, Bülent Uygun, Kemalettin Şentürk kadroya dahil edilen önemli oyunculardan oldu.[83] 1993-94 sezonunu ikinci sırada bitiren Fenerbahçe'de, Bülent Uygun 27 maçta attığı 22 golle gol kralı oldu.[81] Fenerbahçe, 1994-95 sezonunun ilk yarısını Holger Osieck teknik direktörlüğünde tamamlarken, 2. yarısında ise teknik direktörlüğe Tomislav Ivić getirildi. Sezonu dördüncü sırada bitiren Fenerbahçe'de Aykut Kocaman 25 maçta attığı 27 golle 3. kez gol kralı oldu.[81]
 

Carlos Alberto Parreira.
1995-96 sezonunda Brezilya'yı 1994 Dünya Kupası şampiyonu yapan teknik direktör Carlos Alberto Parreira takımın başına getirildi.[84] Bunun dışında Gaziantepspor'dan alınan Elvir Bolić dönemin önemli bir transferi olarak gerçekleşti.[83] Sezonu Trabzonspor'un 2 puan önünde lider tamamlayan Fenerbahçe, yedi sezonun ardından 13. lig şampiyonluğuna ulaştı. 1996-97 sezonunda teknik direktörlüğe Sebastião Lazaroni getirildi.[83] Transferde ise Jay-Jay Okocha önemli bir transfer olarak gerçekleşti.[85] Fenerbahçe bu sezon tarihinde ilk kez Şampiyonlar Ligi'nde gruplara kalma başarısı gösterdi.[86] Elemelerde İsrail ligi takımlarından Maccabi Tel Aviv ile eşleşen Fenerbahçe, rakibini 1-1 ve 1-0'lık skorlarla eleyerek gruplara katılmaya hak kazandı. Grup kuralarında ise Rapid Wien, Juventus ve Manchester United'ın aralarında bulunduğu C grubunda mücadele etti. 20 Kasım 1996 tarihinde Old Trafford'da Manchester United ile yapılan maç, sezonun en önemli gelişmelerinden birisi oldu.[87] Bu maçta Fenerbahçe, rakibini Elvir Bolić'in 78.dk'da attığı golle 1-0 mağlup ederek, kendi sahasında oynadığı Avrupa maçlarında 40 yıldır yenilmeyen Manchester United'ı yenmiş oldu.[87] Grubu ise 2 galibiyet, 1 beraberlik ve 3 yenilgiyle tamamlayarak 3. sırada kaldı ve turnuvaya veda etti. Sezon ortasında Sebastião Lazaroni gönderilerek yerine 3. kez Todor Veselinović getirildi ve takım sezonu 3. sırada bitirdi.[83] Sezon sonunda Todor Veselinović ile yeniden yollar ayrılarak Hırvat teknik adam Otto Barić ile anlaşıldı.[83] 1997-98 sezonunun en önemli olaylarından birisi 11 Şubat 1998 tarihinde Trabzonspor ile oynanan Türkiye Kupası çeyrek final karşılaşmasında yaşandı. [88] Maçın 78.dakikasında teknik direktör Otto Barić'in başına taş atılması sonucu, takım sahayı terketti. Bunun sonucunda Fenerbahçe hükmen mağlup sayılarak bir sonraki sezon Türkiye Kupası'nda oynamaktan men edildi.[88] Sezonu ise Galatasaray'ın 4 puan gerisinde ikinci olarak tamamladı. 1998-99 sezonunda teknik direktörlüğe Joachim Löw getirildi.[83] Transferde ise Viorel Moldovan ve Elvir Baljić gibi önemli oyuncular takıma dahil edildi. Bu sezonu üçüncü sırada tamamlayan Fenerbahçe'de, sezon sonunda teknik direktörlüğe eski futbolcusu Rıdvan Dilmen getirildi.[83]
1999-2009
 

Fenerbahçe'ye Süper Lig'te şampiyonluk kazandıran ilk yerli teknik direktör Mustafa Denizli.
1999-00 sezonunda Gaziantepspor'dan Yaw Preko ve Samuel Johnson takıma dahil edildi.[83] Bu sezon UEFA Kupası 1. turunda MTK Budapeşte ile eşleşen Fenerbahçe, deplasmanda 0-0 berabere kaldığı Macar takımına kendi evinde 2-0 mağlup olarak kupaya veda etti. [89] 30 Eylül 1999 tarihinde oynanan bu ikinci maç sonrası teknik direktör Rıdvan Dilmen istifa etti ve yerine Zdenek Zeman getirildi.[83][90] Zdenek Zeman'ın yönetiminde başarılı bir grafik sergilenememesi nedeniyle, ligin 15. haftasında takım Fenerbahçe'nin eski futbolcularından Turhan Sofuoğlu'na emanet edildi.[91] Sezonu 4. sırada tamamlayan takım, bir sonraki sezon Avrupa kupalarına gitme şansını kaybetti. 2000-01 sezonunda gerek teknik direktör gerekse oyuncu transferlerinde büyük hamleler gerçekleşti. Yeniden bir yapılanmaya giden takım ilk olarak teknik direktörlüğe Mustafa Denizli'yi getirdi. Bunun dışında Haim Revivo, Kennet Andersson, Nikola Lazetic, Zoran Mirkovic, Milan Rapaic, Serhat Akın ve Yusuf Şimşek gerçekleşen önemli transfer hamleleri oldu.[83] Fenerbahçe bu sezonda iç sahada oynadığı 17 maçta 17 galibiyet alarak bir rekor kırdı.[92] Sezonu ise Galatasaray'ın 3 puan önünde şampiyon olarak tamamladı. Bu şampiyonluk Fenerbahçe'nin Süper Lig'de bir Türk antrenörle kazandığı ilk şampiyonluk oldu.[93]
2001-02 sezonunda Şampiyonlar Ligi elemelerinde İskoçya ligi ekiplerinden Glasgow Rangers'ı ilk maçı 0-0 biten maçın rövanşında 2-1 mağlup ederek tarihinde ikinci defa Şampiyonlar Ligi'nde gruplara kalma başarısı gösterdi.[94] Grup kuralarında Barcelona, Bayer 04 Leverkusen ve Olympique Lyonnais'un aralarında bulunduğu F grubuna düşen Fenerbahçe, oynadığı maçlardan puan alamayarak turnuvaya veda etti.[94] Şampiyonlar ligindeki başarısızlık ve ligde alınan kötü sonuçlarla birlikte, 21 Aralık 2001 tarihinde Diyarbakırspor'a deplasmanda kaybedilen 2-1'lik maç sonucunda teknik direktör Mustafa Denizli'nin görevine son verildi.[95] Yerine ise Alman teknik direktör Werner Lorant getirildi.[83] 2002-03 sezonunun en önemli transfer hamlesi River Plate'den transfer edilen Arjantinli futbolcu Ariel Ortega oldu. Bu transferin Fenerbahçe'ye maliyeti ise 15.5 milyon dolar oldu. [96] Bunun dışında Ponte Preta'dan alınan Washington ise bir diğer önemli transfer olarak gerçekleşti.[97] Sezonun en önemli olayı 6 Kasım 2003 tarihinde Galatasaray ile yapılan derbi maçı oldu.[98] Bu maçta Fenerbahçe, rakibini Tuncay Şanlı, Ariel Ortega, Serhat Akın (2), Ceyhun Eriş ve Ümit Özat'ın attığı gollerle 6-0 mağlup ederek ezeli rakibine karşı tarihi bir skor elde etti.[98] Bunun dışında ligde kötü bir performans sergilenmesi nedeniyle ligin 16. haftasında Werner Lorant ile yollar ayrılarak yerine Oğuz Çetin getirildi. [99] Oğuz Çetin yönetiminde beklenilen sonuçlar alınamayınca ligin 26. haftasında Oğuz Çetin'in yerine Tamer Güney getirildi.[99] Sezon sonuna kadar Tamer Güney yönetiminde kalan takım ligi 6. sırada bitirerek bir sonraki sezon Avrupa kupalarında mücadele etme şansını kaybetti.
 

Fenerbahçe formasıyla çıktığı 53 maçta 32 gol atan Pierre van Hooijdonk.
2003-04 sezonu öncesi yeniden bir yapılanmaya giden Fenerbahçe, ilk olarak Alman teknik direktör Christoph Daum'u takımın başına getirdi.[100] Transferde ise Pierre van Hooijdonk, Robert Enke, Mehmet Aurélio, Fábio Luciano ve Mert Nobre gibi önemli oyuncular takıma dahil edildi.[100] Başarılı bir sezon geçiren Fenerbahçe, ligi Trabzonspor'un 4 puan önünde bitirerek 15. lig şampiyonluğunu elde etti ve formasına 3. yıldızı taktı.[101] Bir sonraki sezon Şampiyonlar Ligi'ne doğrudan katılacak Fenerbahçe'nin en önemli transfer hamlesi ise Cruzeiro'dan 5 milyon dolara transfer edilen Alexsandro de Souza oldu.[102] Bunun dışında alınan Serkan Balcı bir transfer hamlesi gerçekleşti. Şampiyonlar Ligi kuralarında Olympique Lyonnaisnais, Manchester United ve Sparta Prag'ın aralarında bulunduğu D grubuna düşen Fenerbahçe, ligde ise ilk yarıyı lider olarak tamamladı.[103][104] Devre arasında takıma dahil edilen Fransız futbolcu Nicolas Anelka büyük ses getirdi.[105] Fenerbahçe, Şampiyonlar Ligi'nde grubu 3. sırada bitirerek, UEFA Kupası'na katıldı.[103] UEFA Kupası'nda ise 3.turda İspanyol rakibi Real Zaragoza'ya 1-0 ve 2-1'lik skorlarla elenerek Avrupa kupalarına veda etti.[106] Ligde ise başarılı bir sezon geçiren Fenerbahçe, sezonu Trabzonspor'un 3 puan önünde lider olarak tamamlayarak 2004-05 sezonunda 16. şampiyonluğunu kazandı.[107]
 

Fenerbahçe'yi Şampiyonlar Ligi'nde çeyrek finale yükselten ilk teknik direktör Zico.
2005-06 sezonu öncesi Juventus'tan 8 milyon euro karşılığında Stephen Appiah transfer edildi.[108] Bir önceki sezonu şampiyon olarak tamamlayan Fenerbahçe, Şampiyonlar Ligi gruplarına doğrudan katıldı. Grup kuralarında Milan, PSV ve Schalke 04'ün aralarında bulunduğu E grubunda mücadele etti. Grup maçlarında ise 1 galibiyet, 1 beraberlik ve 4 yenilgi alarak, Avrupa kupalarına veda etti.[109] Ligi ise Galatasaray'ın 2 puan gerisinde ikinci olarak bitiren Fenerbahçe'de sezon sonunda teknik direktör Christoph Daum ile yollar ayrıldı. Boşalan teknik direktörlük görevine ise Brezilyalı teknik adam Zico getirildi.[110] 2006-07 sezonu öncesi Uğur Boral, Tümer Metin, Mateja Kezman, Edu Dracena, Diego Lugano, Deivid de Souza gibi oyuncular takıma dahil edildi.[111] Şampiyonlar Ligi'ne eleme turlarından katılan Fenerbahçe, 3. tur eleme maçında Dinamo Kiev'e 3-1 ve 2-2'lik skorlarla elenerek, bu turnuvaya veda etti ve UEFA Kupası'na katıldı.[112] UEFA Kupası'nda gruplardan çıkma başarısı gösteren Fenerbahçe, 3. turda Hollanda ligi takımlarından AZ ile eşleşti. İlk maçta kendi sahasında 3-3 berabere kalan Fenerbahçe, ikinci maçta 2-2 berabere kalarak kupaya veda etti.[112] Ligde ise başarılı bir sezon geçiren takım, en yakın takipçisi Beşiktaş'ın 9 puan önünde ligi şampiyon olarak tamamladı.[113] Bu şampiyonlukla, kuruluşunun 100. yılında onyedinci lig şampiyonluğunu elde etti. Diğer taraftan takımın kaptanlığını da yapmakta olan Alex, 32 maçta attığı 19 golle gol kralı oldu. Bununla birlikte Alex, Fenerbahçe formasıyla gol kralı olan ilk yabancı futbolcu oldu.[114] Fenerbahçe, sezon sonunda Beşiktaş ile yapılan Türkiye Süper Kupası maçını Mateja Kezman ve Deivid de Souza'nın attığı gollerle 2-1 kazanarak yedinci kez bu kupayı müzesine götürdü.[115]
 

Fenerbahçe formasıyla 66 maçta forma giyen Roberto Carlos.
2007-08 sezonunda Şampiyonlar Ligi gruplarına doğrudan katılan Fenerbahçe'de sezon öncesi yaşanan en önemli gelişme, ünlü Brezilyalı futbolcu Roberto Carlos'un Real Madrid'den transfer edilmesi oldu.[116] Bunun dışında Gençlerbirliği OFTAŞ'tan transfer edilen Gökhan Gönül bir diğer önemli transfer olarak gerçekleşti.[117] Zico yönetimindeki takım, Şampiyonlar Ligi'nde FC Internazionale Milano, CSKA Moskova ve PSV'nin aralarında bulunduğu G grubunda mücadele etti. Grup maçlarında 3 galibiyet, 2 beraberlik ve 1 mağlubiyet alan takım, tarihinde ilk kez Şampiyonlar Ligi'nde 2. tura yükseldi.[118][119] 2. turda Sevilla ile eşleşen Fenerbahçe, ilk maçı kendi evinde 3-2 kazandı. İkinci maçın Sevilla lehine 3-2 bitmesi üzerine karşılaşma uzatmalara gitti. Uzatmalarda da eşitlik bozulmadı ve penaltı atışları sonucunda Fenerbahçe rakibini 3-2 mağlup ederek, yine tarihinde ilk defa çeyrek finale yükseldi.[118][120] Çeyrek finalde Chelsea ile eşleşen Fenerbahçe, ilk maçı 2-1 kazanmasına rağmen ikinci maçta rakibine 2-0 mağlup olarak Şampiyonlar Ligi'ne veda etti.[118] Ligi ise Galatasaray'ın 6 puan gerisinde ikinci sırada bitirdi. Bu sezon Semih Şentürk 27 maçta attığı 17 golle gol kralı oldu.[121] Sezon sonunda Zico ile yollar ayrılarak, boşalan teknik direktörlük görevine Luis Aragonés getirildi.[122] 2008-09 sezonunda Daniel Güiza ve Emre Belözoğlu takıma dahil edilen önemli oyuncular oldular.[123] Bir önceki sezonu ikinci olarak bitiren Fenerbahçe, Şampiyonlar Ligi'ne eleme turlarından katıldı. Sırasıyla MTK Budapeşte ve Partizan Belgrad'ı eleyen takım, tarihinde ikinci kez Şampiyonlar Ligi'nde gruplara kalma başarısı gösterdi.[124] Grup kuralarında ise Porto, FK Dinamo Kyiv ve Arsenal'in aralarında bulunduğu G grubuna düştü. Grup maçlarında 2 beraberlik ve 4 yenilgi alan takım, Avrupa kupalarına veda etti.[124] Ligde ise başarılı bir performans elde edemeyen takım, sezonu 4. sırada bitirdi. Avrupa'da ve ligde alınan başarısız sonuçlar nedeniyle sezon sonunda teknik direktör Luis Aragonés'in görevine son verildi.[125] Boşalan teknik direktörlüğe ise ikinci kez Christoph Daum getirildi.[125] Türkiye Kupası'nda final oynayan Fenerbahçe, sezon sonunda Türkiye Süper Kupası maçında Beşiktaş ile karşılaştı. Maçı Alex'in attığı gollerle 2-0 kazanarak 8.kez bu kupayı müzesine götürdü. [126]
2009-günümüz
 

Fenerbahçe'ye 2 lig, 1 Türkiye Süper Kupası kazandıran teknik direktör Christoph Daum.
2009-10 sezonunda UEFA Avrupa Ligi'nde mücadele edecek Fenerbahçe, kadrosunu André Santos, Fabio Bilica, Ertuğrul Taşkıran, Bekir İrtegün, Özer Hurmacı, Mert Günok, Cristian Baroni ve Mehmet Topuz gibi oyuncularla güçlendirdi.[127] UEFA Avrupa Ligi grup maçlarında grubunu lider olarak tamamlayan takım, 2. turda Lille ile karşılaştı.[128] İlk maçta deplasmanda rakibine 2-1 yenilen Fenerbahçe, ikinci maçta 1-1 berabere kalarak turnuvaya veda etti.[128] Ligde ise başarılı bir sezon geçiren Fenerbahçe son hafta kendi evinde Trabzonspor ile 1-1 berabere kalarak Bursaspor'un 1 puan gerisinde ikinci olarak şampiyonluğu kaybetti.[129] Bu şampiyonluğun kaybedilmesiyle birlikte teknik direktör Christoph Daum'un görevine son verilerek yerine Fenerbahçe'nin önemli futbolcularından Aykut Kocaman getirildi.[130]
 

Fenerbahçe'nin 2007-2012 yılları arasında takım kaptanlığını yapan önemli futbolcularından Alexsandro de Souza.
2010-11 sezonunda yeni bir yapılanmaya giden takımda Miroslav Stoch, Caner Erkin, Issiar Dia, Mamadou Niang ve Joseph Yobo gibi oyuncular kadroya dahil edildi.[131] Bir önceki sezonu ikinci sırada bitiren Fenerbahçe, Şampiyonlar Ligi'ne eleme turlarından katıldı. Bu turda İsviçre ligi takımlarından BSC Young Boys ile eşleşti. İlk maçı 2-2 biten maçın rövanşında rakibine 1-0 yenilerek bu turnuvaya veda etti.[132] UEFA Avrupa Ligi'nde ise Yunanistan ligi takımlarından PAOK ile eşleşen Fenerbahçe 0-0 ve 1-0'lık skorlarla rakibine elenerek Avrupa kupalarına veda etti.[133] Ligde ise ilk yarıyı liderin 9 puan gerisinde bitiren Fenerbahçe, ikinci yarıda 17 maçta 16 galibiyet ve 1 beraberlik alarak sezonu şampiyon olarak tamamladı. Fenerbahçe bu şampiyonlukla 18. lig şampiyonluğuna ulaşmış oldu.[134] Aynı sezon takım kaptanı Alex 33 maçta attığı 28 golle ikinci kez gol kralı oldu.[135]
2011-12 sezonunda şike soruşturması nedeniyle Avrupa kupalarından men edilen Fenerbahçe[136], transferde Emmanuel Emenike, Henri Bienvenu, Reto Ziegler, ve Moussa Sow gibi önemli oyuncuları kadrosuna dahil etti.[137] Ancak Emmanuel Emenike şike soruşturması nedeniyle lig maçlarına katılamadan Rusya'nın Spartak Moskova takımına transfer oldu.[138] Sezon sonunda ilk 4 takımın arasında bulunduğu ve ilk kez düzenlenen play-off grubunda mücadele eden Fenerbahçe, grubu Galatasaray'ın 1 puan gerisinde ikinci sırada bitirerek şampiyonluğu kaybetti. Türkiye Kupası'nda ise finale yükselen Fenerbahçe, finalde Bursaspor ile karşılaştı. 16 Mayıs 2012 tarihinde yapılan maçta Fenerbahçe, rakibini Caner Erkin, Cristian Baroni, Semih Şentürk ve Alex'in golleriyle 4-0 mağlup ederek 29 yıl aradan sonra Türkiye Kupası şampiyonluğuna ulaştı.[139] Sezon sonunda Alex olaylı bir şekilde takımdan gönderildi.[140]
2012-13 sezonunda Dirk Kuyt, Salih Uçan, Hasan Ali Kaldırım, Mehmet Topal, Egemen Korkmaz, Milos Krasic, Raul Meireles ve Pierre Webó gibi önemli oyuncular kadroya dahil edildi.[141] Bir önceki sezonu ikinci olarak bitiren Fenerbahçe, eleme turlarından katıldığı Şampiyonlar Ligi'nde play-off karşılaşmasında Spartak Moscow takımına 1-2 ve 1-1'lik skorlarla elenerek bu turnuvaya veda etti.[142] Avrupa kupalarına UEFA Avrupa Ligi'nden devam eden takım, grup maçlarında 4 galibiyet, 1 beraberlik ve 1 mağlubiyet alarak grubunu lider olarak tamamladı ve bir üst tura yükseldi. 2. turda Bate Borisov'u, 3. turda ise Viktoria Plzen'i eleyen Fenerbahçe, tarihinde ilk kez çeyrek finale yükseldi.[143] Çeyrek finalde Lazio ile eşleşen Fenerbahçe, rakibini ilk maçta kendi sahasında 2-0 yendi. İkinci maçta ise deplasmanda 0-0 berabere kalarak yarı finale yükseldi. Yarı finalde Portekiz ligi takımlarından Benfica ile karşılaşan Fenerbahçe, ilk maçı kendi sahasında 1-0 kazanmasına karşın, deplasmanda rakibine 3-1 yenilerek turnuvaya veda etti.[144] Ligi ise Galatasaray'ın 10 puan gerisinde ikinci sırada bitirdi. Aynı sezon Türkiye Kupası'nda finale yükselen Fenerbahçe, finalde Trabzonspor'u Moussa Sow'un attığı golle 1-0 mağlup ederek 6. kez Türkiye Kupası'nı kazandı.[145]
2013-14 sezonunda teknik direktör Aykut Kocaman ile yollar ayrılarak yerine Ersun Yanal getirildi.[146] Transferde ise Alper Potuk, Michal Kadlec ve Bruno Alves önemli transfer hamleleri olarak gerçekleşti. Daha önce şike soruşturması nedeniyle takımdan ayrılan Emmanuel Emenike, 2 yıl aradan sonra 13 milyon euro karşılığında transfer edildi.[147] Bir önceki sezonu ikinci sırada bitiren Fenerbahçe, Şampiyonlar Ligi'ne eleme turlarından katıldı. 3. eleme turunda Avusturya ligi takımlarından Salzburg'u 1-1 ve 3-1'lik skorlarla eleyerek play-off turuna yükseldi. Play-off turunda Arsenal ile eşleşen Fenerbahçe, rakibine 3-0 ve 2-0'lık skorlarla elenerek Şampiyonlar Ligi'ne veda etti.[148] 29 Ağustos 2013 tarihinde ise devam eden şike soruşturması sonuçlanarak Fenerbahçe Avrupa kupalarından 2 yıl süreyle men edildi.[149]
2014-15 sezonunda istifa eden Ersun Yanal'ın yerine teknik Direktörlüğe İsmail Kartal getirildi. Takıma yalnızca Diego transfer edildi. Cristian Baroni ve Joseph Yobo ile yollar ayrıldı. Miroslav Stoch, Birleşik Arap Emirlikleri ekibi Al Ain FC kulübüne 1 yıllığına kiralandı. Salih Uçan, Serie A'nın önemli takımlarından AS Roma'ya 2 yıllığına kiralandı. Galatasaray'ı penaltılar sonucu 3-2 yenerek sezona 2014 Türkiye Süper Kupası ile başladı. Türkiye Kupası'na yarı finalde Bursaspor'a elenerek veda etti. 4 Nisan 2015 tarihinde Çaykur Rizespor maçı sonrasında Trabzon Havalimanına ilerleyen otobüse Sürmene ilçesinde silahla ateş açıldı. Olayda otobüs şoförü yaralandı.[150]
2015-16 sezonunda sportif direktörlüğe İtalyan Giuliano Terraneo getirildi. İsmail Kartal ile yollar ayrılarak Portekizli teknik direktör Vítor Pereira takımın başına getirildi. Fenerbahçe sezona hızlı ve önemli transferlerle başladı. Abdoulaye Ba ve Fabiano Riberio, Portekiz ekibi FC Porto'dan kiralandı. Simon Kjaer, Şener Özbayraklı, Fernandão, Josef de Souza ve ayrıca Nani ve Robin van Persie gibi önemli futbolcuları kadrosuna kattı. Pierre Webó, Selçuk Şahin, Bekir İrtegün, Egemen Korkmaz, Mert Günok ve kaptan Emre Belözoğlu gibi isimlerle yollar ayrıldı. Emmanuel Emenike, Birleşik Arap Emirlikleri ekibi Al Ain FC kulübüne 1 yıllığına kiralandı.
2016-17 sezonunda ülkesine kaçan Vítor Pereira yerine teknik direktör olarak Hollandalı teknik direktör Dick Advocaat takımın başında yer aldı.